За день до вторжения в Россию Наполеон прибыл в расположение войск. Переодевшись в чужой мундир, чтобы не привлекать внимания, он появлялся в различных местах, наблюдая за своими войсками, за последними приготовлениями. В излучине Немана напротив поселения Понемонь, около Ковно, Наполеон наметил место переправы основных сил. 11 (23) июня с французским императором случилось происшествие, которое было воспринято окружением, как плохой знак. В середине дня Наполеон объезжал прибрежную полосу реки и упал с лошади. Позже выяснилось, что под ногами лошади пробежал заяц, она испугалась, взбрыкнула, всадник, не ожидавший этого порыва, упал из седла. Император не пострадал, но был повергнут в мрачное расположение духа. 

В письме направленном русскому императору Александру из Вильно (город французы заняли 16 (28) июня), Наполеон перечислил все претензии, обиды, которые в итоге и привели к тому, что две великие державы оказались в состоянии войны. России и Франции понадобилось всего несколько лет, после заключения союзного договора в Тильзите в 1807 году, для того, чтобы отношения были доведены до состояния войны. Так, во время русско-шведской войны Париж обещал Петербургу военную помощь, корпус Бернадотта даже двинули для войны со шведами. Однако, Бернадотт по своей инициативе, или по указанию свыше, медлил и помощь оказалась чисто политической. В свою очередь, во время австро-французской войны 1809 года, Александр заплатил той же монетой. Наполеон хотел, чтобы Россия двинула против Австрии крупные силы (значительная часть французских войск была занята войной на Пиренейском полуострове). Александр заверил союзника, что Россия окажет помощь: «Ваше Величество может рассчитывать на меня. Мои возможности, поскольку я веду две войны, не велики, но всё, что возможно, будет сделано». К австрийской границе был двинут корпус под командованием Голицына, но серьёзных военных столкновений между русскими и австрийскими войсками не было. 

Предметом постоянных взаимных споров, подозрений было великое герцогство Варшавское. Петербург подозревал Париж в стремлении возродить королевство Польша в прежних границах. Политика Наполеона в отношении Варшавы была действительно двусмысленной. Он не скупился на обещания польским патриотам, в то же время учитывал интересы Австрии, Пруссии и России, которые не хотели восстановления Польши. Наполеон скорее использовал поляков, чем реально собирался помогать им, создать независимую Польшу. Герцогство Варшавское было плацдармом Франции против России, Австрии и Пруссии. Польские воинские части наряду с французскими, были самыми преданными. Русский император Александр же был крайне чувствителен к польскому вопросу, придавал ему первостепенное значение. Он понимал, что этот вопрос может нанести серьёзный удар по зданию империи. К тому же Наполеон сам поддерживал эти подозрения, когда позволил герцогству Варшавскому расшириться за счёт австрийских земель, после поражения Вены в войне 1809 года. 

Чтобы разрешить польскую проблему Александр предложил французскому послу Коленкуру подписать конвенцию, по которой Франция официально обязывалась никогда не восстанавливать независимость Польши. Коленкур был сторонником союза России и Франции, поэтому легко пошёл на подписание этого акта. В январе 1810 года конвенция была подписана Коленкуром и Румянцевым. Наполеон отказался её ратифицировать в озвученных формулировках, начались новые переговоры, которые затянулись. В итоге конвенция не была подписана. Почти одновременно провалилась затея Наполеона с женитьбой на сестре русского императора Анне Павловне. Наполеон в результате был задет лично, и женился на дочери австрийского императора Франца II Марие-Луизе. В результате антирусский курс Франции был укреплён, в Австрии его поддерживал министр иностранных дел Меттерних. 

Надо отметить и тот факт, что в российской элите было значительное количество англофилов, и просто противников союза с Францией, которые по мере своих возможностей вставляли палки в колёса. Так, с октября 1807 по октябрь 1808 года чрезвычайным послом в Париже был Пётр Александрович Толстой. Он был убеждённым противником Франции, писал в Петербург, что все дружеские уверения Наполеона — ложь и обман, умолял не верить им, а готовиться заранее к войне, и предсказывал близкое вторжение французов в пределы Российской империи. 

Одной из предпосылок конфликта оказалась проблема континентальной блокады. Антианглийская политика была не выгодна значительной части правящих классов России, с точки зрения экономических интересов. Англия была главным экономическим партнёром России. Александр пошёл на участие в России в континентальной блокаде только, потому что политические преимущества от союза с Францией превышали экономический ущерб от разрыва отношений с Англией. Александр надеялся, что с помощью Наполеона будет решён вопрос усиления позиций на Балканском полуострове и контроля за проливами Босфор и Дарданеллы. В тоже время, претензии Наполеона к Петербургу не были беспочвенны: русские власти соблюдали правила блокады не строго, они нарушали жёсткие правила. В принципе, французы также при необходимости нарушали эти условия, если это отвечало их интересам. Пять лет континентальной блокады на практике показали её несостоятельность. Наполеон переоценил свои возможности по «удушению» Англии. Британия была «мастерской мира», «владычицей морей», имела возможности торговли с Штатами, получала ресурсы из своих колоний. Кроме того, сама французская экономика была зависима от Англии. Французский император сам нередко давал указания нарушить континентальную блокаду. К примеру, Наполеон разрешил закрыть глаза на ввоз на Корсику сахара и табака. Французская промышленность даже в самых благоприятных условиях, в силу технической отсталости (которая имела ряд исторических предпосылок), нехватки сырья не могла покрыть потребности не только стран Европы, но и самой Франции. 

С начала 1811 года русское правительство ввело новый тариф, который повысил на 50% пошлины на все ввозимые промышленные товары. Фактически это был удар по французской экономике. Французы вскоре нанесли ответный удар. Петербург, пытаясь преодолеть финансовые затруднения, пытался взять заём у французского банкира Лаффита. Соглашение с французским банкиром после трудных переговоров было заключено. Однако, Лаффит поставил условие, чтобы соглашение гарантировало французское правительство. Наполеон отказался дать гарантию. Кроме того, в 1811 году французы захватили владения герцога Ольденбургского, близкого родственника Александра. 

В принципе все эти проблемы не были коренными, они не затрагивали стратегических интересов Франции и России. Их можно было решить при наличии доброй воли у правительств двух великих держав. 

Ещё одной предпосылкой войны стал личный фактор и экономический кризис во Франции. Наполеон в 1811 году стал более угрюмым, нелюдимым, недовольным, лишился сна. Император распространял вокруг себя холод и страх. При кажущейся мощи, роскоши, богатстве империи Наполеона, она переживала серьёзный кризис. На два неурожайных года наложился экономический кризис 1811 года. Он проявился в резком сокращении торговли, упадке промышленной деятельности, продовольственном кризисе. Простые люди страдали от дороговизны и от голода. К примеру, цены на хлеб в Марселе выросли с 15-20 сантимов за фунт до 70-80 сантимов. К тому же хлеба ещё и не хватало. Правительству пришлось принять экстренные меры. Летом 1811 года были повторены меры времен якобинского Конвента, установлен «максимум» (твердые цены) на продукты питания, начались реквизиции, вмешательство государства в экономическую сферу. 

Плохо шли дела в Испании. Наполеону пришлось держать 250-300 тыс. армию на Пиренейском полуострове, чтобы создать видимость нормального функционирования государственного организма. В Испании шла народная война. Лучшие французские маршалы потерпели ряд поражений. В Германии дело до взрыва ещё не дошло, но он назревал. Была опасность, что в случае крупной военной неудачи, взорвётся и она. В Италии, которая стала частью французской провинцией, частью вассальным королевством, приходилось увеличивать гарнизоны, чтобы удержать территорию в повиновении. Была опасность, что Италия также будет охвачена освободительным движением. В ноябре 1811 года Наполеон предписал вице-королю Евгению Богарне сформировать подвижные отряды, чтобы покончить с бандитизмом в окрестностях Рима. Такие же приказы были отданы генералу Миолиссу в Риме и великой герцогине Тосканской Элизе. Весной 1812 года принц Евгений получил приказ покончить с бандитами, которые укрывались в горах Венецианской области. Были и другие тревожные вести, говорящие о тяжёлом кризисе Французской империи.

В результате Наполеон подходит к мысли о победоносной войне с Россией, которая должна будет снять все основные проблемы. Победа над Россией должна была упрочить его владычество над Европой и позволяла Франции претендовать на мировое господство. При этом Наполеон колебался, он чувствовал, что война с Россией может стать гибельной для него, не хотел повторить судьбу шведского короля Карла XII. Даже подумывал вернуть к старому плану высадки десантной армии в Англии. Позже Наполеон, на острове Святой Елены, прямо признает, что война с Россией была его фатальной ошибкой. 

Необходимо учесть и фактор влияния Вены и Лондона, австрийцы и британцы были заинтересованы в войне Франции с Россией. При любом исходе они выигрывали. При победе Наполеона, устранялась «русская угроза», французский император ещё более распылял свои силы. При победе Александра, Франция на время выбывала из гонки за лидерство в Европе, Россия даже при победе понесла бы значительные людские и материальные потери. Меттерних, со времени женитьбы Наполеона на австрийской принцессе, ставший частым гостем в императорском дворце, старательно лил масло в огонь. Меттерних был ярым противником России. После того, как Австрия понесла ряд тяжёлых поражений, успехи русского оружия в войне с Турцией глава австрийского внешнеполитического ведомства воспринимал практически как личное оскорбление. «У Европы один страшный враг – это Россия… император Наполеон один может её сдержать», говорил он французскому императору, призывая его к «спасению Запада». Определённые надежды в «обольщении» императора Меттерних возлагал на жену Наполеона. 

В итоге Наполеон принял окончательное решение, хотя оно и далось с большим трудом. Подготовка к войне велась самым тщательным образом. Французский император хотел организовать против России самую широкую коалицию, двинуть против Северной империи всю Европу. Ему удалось заключить союзы с Австрией и Пруссией. Наполеон обязал выделить войска для «Великой армии» монархов Рейнского союза, Саксонии, Баварии, Вестфалии. В его распоряжении были военные контингенты из Голландии, Швейцарии, Италии, Польши и Испании. Император достиг много в политико-дипломатической подготовке к войне с Россией. Однако, не все его планы были реализованы: не удалось вовлечь в коалицию Османскую империю и Швецию. Первоначально ему казалось, что задача довольно простая. Турция была в состоянии войны с Россией, и это давало ему 100 тыс. турецкую армию, возможность сковать значительные силы русской армии на юге. На севере Швеция недавно воевала с Россией и потеряла Финляндию, её правителем был бывший маршал Наполеона Бернадотт. Наполеон полагал, что Бернадотт получивший от него маршальский жезл, титул князя, шведский трон (даже жена Бернадотта – Дезире Клари, была бывшей возлюбленной Наполеона), будет торговаться, но в целом выполнит его пожелания. Но император ошибся. Бернадотт очень быстро освоился на шведском троне. Он по-прежнему клялся Наполеону в верности и одновременно налаживал контакты с Лондоном и Петербургом. Александр пообещал шведам более лёгкую добычу – Норвегию. Вскоре шведский король стал «другом и союзником» русского монарха. В апреле 1812 года Александр выразил «глубокое удовлетворение прочными и многообещающими узами, скрепляющими союз двух держав…». Ставка французского императора на Швецию была бита. А 16 мая 1812 года М. И. Кутузов подписал в Бухаресте мирный договор с Османской империей. В результате Россия обеспечила свои фланги. 

Готовясь к войне с Россией, Наполеон испытывал сомнения в ряде важнейших вопросов. У него была надежда, что только одна угроза войны заставит Александра пойти на уступки. Даже в случае начала войны была надежда, что она будет краткосрочной. Не зря в воззвании к «Великой армии» от 11 (22) июня 1812 года главнокомандующий писал: «Солдаты! Вторая польская война началась!». Наполеон считал, что война охватит польские и приграничные русские области. Первоначально даже ожидал, что русские войска перейдут в наступление и вторгнутся на территорию герцогства Варшавского. Об этом говорит и дислокация войск армии вторжения. Французское командование считало, что война будет краткосрочной, все решающие битвы произойдут у границы. 

16 (28) июня французскими войсками был занят Вильно. В этом городе он задержался на 18 суток – до 4 (16) июля. В условиях стремительного наступления такие остановки непозволительная роскошь. Правда, корпус Даву успешно продвигался и занял Минск. Жером преследовал силы Багратиона, но не смог выполнить поставленой задачи. Видимо, остановка в Вильно имела в основе политические соображения, которые в итоге оказались ошибочными. 

13 июня император Александр I направил генерала Александра Дмитриевича Балашова Балашова к Наполеону с письмом, в которым было предложение вернуться к довоенному положению. Наполеон принял парламентёра 18 июня в Вильно, в том самом кабинете, который неделю назад занимал русский император (Александр I находился на балу у Беннигсена в Вильно (когда получил известие о вторжении Великой армии). Переговоры не привели к положительному результату. Существует легенда, что в конце разговора французский император иронично спросил у русского генерала о кратчайшей дороге до Москвы, на что Александр Балашов ответил: «Есть несколько дорог, государь. Одна из них ведёт через Полтаву». Судя по всему, Александр не рассчитывал на успех в переговорах, это был маневр. А Наполеон истолковал появление генерала Балашова как доказательство слабости Александра. Появилась иллюзия, что русский царь напуган, растерян и через несколько дней попросит мира. 

Нельзя не увидеть того факта, что Наполеон в начале войны строил все свои планы основываясь на мнении, что русский царь слабодушен, к тому же в Петербурге есть круги, которые окажут давление на него, чтобы заключить мир. Он был настолько уверен в слабости Александра и своей силе, что первоначально даже не пытался использовать стратегию социальной войны, устроить крестьянскую войну, поднять против Петербурга литовцев, латышей, эстонцев, финнов. Наполеон даже полякам, которых использовал уже давно, не дал обещания восстановить Польшу.